Der Vorstand der Arbeitsgemeinschaft wird von BürgermeisterInnen bzw. AmtsdirektorInnen aus sechs Mitgliedsstädten der Arbeitsgemeinschaft gebildet. Die gewählten Vorsitzenden der vier Regionalgruppen sind gleichzeitig Vorstandsmitglieder. Der Vorstandsvorsitzende der Arbeitsgemeinschaft und seine Stellvertreterin werden, unabhängig von den Regionalgruppen, von der Mitgliederversammlung gewählt. Auf der Frühjahrstagung 2009 in Doberlug-Kirchhain wurde Harry Müller zum Ehrenvorsitzenden der Arbeitsgemeinschaft gewählt.

Der Erfahrungsaustausch zu gemeinsamen Fachthemen und die Information zu den aktuellen Aktivitäten in der Arbeitsgemeinschaft stehen bei den ein- bis zweimal im Jahr stattfindenden Mitgliederversammlungen der Arbeitsgemeinschaft Städte mit historischen Stadtkernen im Vordergrund. Gekoppelt mit einer Fachtagung stehen dabei sowohl Fachfragen der Stadterneuerung, Zukunftsthemen und gemeinsame Arbeitsschwerpunkte zur Diskussion.

Der unmittelbare Gedanken- und Erfahrungsaustausch findet in den Regionalgruppen statt. Hier werden Tagungen der Arbeitsgemeinschaft vorbereitet, gemeinsame Problemstellungen diskutiert, aktuelle und zukünftige Aufgabenstellungen benannt und Fachfragen erörtert. Die Regionalgruppen kommen drei- bis viermal im Jahr abwechselnd in den zugehörigen Städten zusammen.

Die Bewertungskommission wird vom Ministerium für Infrastrutkur und Landesplanung des Landes Brandenburg berufen. Unter dem Vorsitz von Andreas Pfaff vom Landesamt für Bauen und Verkehr bereist die Bewertungskommission abwechselnd die Mitgliedsstädte mit dem Ziel den aktuellen Erneuerungsstand in den Städten zu begutachten und mit Vertreter/innen der Stadt und der städtischen Gremien sowie geladenen Gästen über Strategien der Sanierung, Stadterneuerung und Entwicklung des jeweiligen historischen Stadtkerns zu diskutieren. Die Empfehlungen dieses fachlich hochkarätig besetzten Gremiums haben für die Mitgliedsstädte eine große Bedeutung.

Der Fachbeirat Tourismus wurde 2019 gegründet, um in die zukünftige strategische und operative Öffentlichkeitsarbeit sowie die touristische Projektentwicklung der Arbeitsgemeinschaft eingebunden zu werden. Der Fachbeirat unterstützt den Vorstand beratend und steuernd. Die Ergebnisse werden jährlich mit allen Städten in einem gemeinsamen Tourismus-Workshop vertieft.

Die Geschäftsstelle der Arbeitsgemeinschaft Städte mit historischen Stadtkernen des Landes Brandenburg befindet sich in einem denkmalgerecht umgebauten ehemaligen Gebäude der Garde-Ulanen-Kaserne im Potsdamer Voltaireweg. Dort betreut complan Kommunalberatung die Geschäftsstelle der Arbeitsgemeinschaft.